Η σκληρή εργασία, οι πολύωρες Ακολουθίες και η καθημερινή αγρυπνία στο κελί του φέρανε αποτέλεσμα. Είχε και την αυστηρή νηστεία, που έφτανε στην ασιτία. Έτσι η εξάντληση του οργανισμού προχώρησε πολύ. Κάτι που κανονικά θα έπρεπε να είχε γίνει ακόμη νωρίτερα. Και δεν εννοούσε να μειώσει την άσκηση με καμία δύναμη. Όσο οι πνευματικές του δυνάμεις ήτανε ακμαίες, τόσο επέμενε στην αυστηρή άσκηση. Άλλωστε, σκοπός της άσκησης ήτανε ακριβώς αυτό, να κρατάει τις πνευματικές του δυνάμεις ελεύθερες από την επήρεια των παθών, των πειρασμών και της ύλης, ώστε να κατευθύνονται ανεμπόδιστα προς το Θεό και να αγιάζονται από αυτόν.

Όμως το σώμα υπέκυψε. Από το 1956 τον πονούσε αφόρητα η μέση του. Για τον πόνο στα πόδια δεν έλεγε τίποτα, γιατί τον υπέφερε. Με τη μέση του όμως ήτανε αδύνατο. Και πώς να μην πονούσε, αφού 22 ώρες το 24ωρο δεν την ανέπαυε; Είναι ζήτημα εάν ξάπλωνε δύο ώρες τη νύχτα. Δύο γινόσανε οι ώρες της ανάπαυσης, όταν πονούσε πολύ. Και όταν δε λειτουργούσε. Διότι αν είχε να λειτουργήσει και αν μάλιστα ξημέρωνε μεγάλη γιορτή, Χριστούγεννα, Θεοφάνεια και άλλες, τότε πια δεν κοιμότανε καθόλου. Ούτε και στα τελευταία του χρόνια, που είχε βηματοδότη στην καρδιά. Πήγαινε από δίπλα ο αδελφός μοναχός και του ’λεγε:

–Κουράστηκες, γέροντα, έλα τώρα να ησυχάσεις λίγο…

Εκείνος απαντούσε:

–Πήγαινε, πάτερ μου, εγώ θα μείνω. Είναι μεγάλη νύχτα σήμερα, δεν είμαι κουρασμένος.

Το πρωί, που σηκωνόσανε όλοι, τον βρίσκανε ακόμη γονατιστό, με το πετραχήλι του, να προσεύχεται.

Τέτοιες ημέρες, μετά την ολονύκτια προσευχή, κατέβαινε στο ναό χωρίς να μιλάει σε κανένα. Ούτε και ήθελε να του μιλάνε, βρισκότανε αλλού και ζούσε σε άλλο κόσμο!

Έτσι, χρειάστηκε για τη μέση του γιατρό. Του έκανε 80 ενέσεις, αλλά το κακό συνέχιζε, θεραπεία δεν έβλεπε. Κυριολεκτικά σερνότανε για τις δουλειές και τις Ακολουθίες. Το μεσημέρι δεν άντεξε κι έπεσε στο ξυλοκρέβατο, στα σανίδια. Εκεί του εμφανίστηκε ο όσιος Δαβίδ με το πρόσωπο του π. Σπυρίδωνα, φιλοξενούμενου αγιορείτη. Ο Σπυρίδων τον βοήθησε να σηκωθεί και του είπε: «Ακούμπα τη μέση σου στη δική μου γέρικη μέση». Τον βοήθησε και το ’κανε. Τότε ο Άγιος γύρισε πίσω τα χέρια του κι έπιασε από τη μέση τον π. Ιάκωβο, που άκουσε τρίξιμο μέσης. Αυτό ήτανε. Ο πόνος χάθηκε. Και ο άγιος τον ρώτησε:

–Ποιος είμαι;

Πήρε την απάντηση: «ο π. Σπυρίδων». Τότε ο άγιος είπε:

–Όχι, με ξέρεις, δε θες να πεις τ’ όνομά μου, κάθεσαι σπίτι μου: Άνοιξε η πόρτα και είδε τον Άγιο να βγαίνει και να κατεβαίνει τις σκάλες.

Το 1964, έπαθε από τις αμυγδαλές του. Πονούσε φοβερά κι έπεφτε στα νεφρά του πύο. Πολλές φορές τον πιάνανε ανυπόφοροι πόνοι στη Λειτουργία και μελάνιαζε ολόκληρος. Ποτέ όμως δεν έτυχε να διακόψει τη θεία Λειτουργία. Όσο και να υπέφερε, θα την τελείωνε. Το 1962 τον λυπήθηκε ο Θεός κι έστειλε στη Μονή έναν καλό μοναχό, τον Κύριλλο. Αυτός, που σήμερα είναι ο ηγούμενος της Μονής, παραστάθηκε και βοήθησε όσο μπορούσε τον άρρωστο ασκητή π. Ιάκωβο, του οποίου τα βάσανα τελειωμό δεν είχαν.

Το 1967 τον βρήκανε άλλα. Έκανε πολύ δύσκολη εγχείρηση: βουβωνοκήλης και σκωληκοειδίτιδας με περιτοναϊκή αντίδραση και προβλήματα προστάτη. Υπέφερε πολύ, δεν ήξερε τι έχει. Σε νοσοκομείο δεν ήθελε να πάει. Μελάνιαζε, κουλουριαζόταν και σφάδαζε από τους πόνους. Ο Κύριλλος τον έβρισκε σε απελπιστική κατάσταση. Δεν μπορούσε να κινηθεί, σερνόταν. Για να πάει λίγο πιο πέρα, έπεφτε και σερνότανε με τα τέσσερα, μπρούμυτα. Έπαθε φοβερή κρίση και τον μεταφέρανε αναίσθητο στο νοσοκομείο της Χαλκίδας. Εκεί νομίσανε ότι πρόκειται για απλή σκωληκοειδίτιδα. Δέχτηκε με χίλια παρακάλια, γιατρών και κληρικών, να γίνει η εγχείρηση. Η δυσκολία του οφειλότανε στο ότι δεν ήθελε να βγάλει τα ρούχα και να δουν οι γιατροί το σώμα του. Το θεωρούσε άκρο εξευτελισμό:

–Θα γίνω θέατρο, πατέρες. Ουδέποτε άνθρωπος με είδε.

Και πράγματι, ήτανε τόσο καθαρός και πρόσεχε τόσο πολύ να μη βλέπει σώμα, ώστε ο ίδιος «ουδέποτε άπλωσε το χέρι του στο σώμα του», όπως έλεγε ο ηγούμενος και καλός γνώστης Νικόδημος. Ακόμη και τα νήπια που βάπτιζε, τόσα χρόνια, δεν τα κοίταζε ποτέ. Κρατούσε τα μάτια του ψηλά και ομολογούσε με ιερή αφέλεια και καύχηση:

–Δεν είδα ποτέ μου πως είναι τα όργανα των παιδιών.

Του είπανε λοιπόν, ψέματα, ότι δε θα του βγάλουνε τα ρούχα, θα’καναν τάχα μόνο μια τρύπα στο αντερί. Έτσι δέχτηκε να γίνει η εγχείρηση. Τέσσερες του Οκτώβρη περίμενε στο μικρό θάλαμο για το χειρουργείο. Παρόντες ήταν αρχιμανδρίτες κληρικοί Πολύκαρπος, Νικόδημος, Βασίλειος και κάποιος ακόμα. Ο π. Ιάκωβος προσευχήθηκε πολύ και μεταξύ άλλων είπε, όπως τα διηγόταν:

–Αν θες, όσιε Δαβίδ μου, να ξαναγυρίσω στο μοναστήρι σου, έλα να με κάνεις καλά… Σ’ ένα τέταρτο πρέπει να είσαι εδώ… Και αν έρθεις, πέρνα σε παρακαλώ να πάρεις και τον όσιο Ιωάννη… Είναι στο δρόμο σου, θα στρίψεις ένα στενό δεξιά και θα τον βρεις.

Σε λίγα λεπτά, έλεγε με φωνή επίσημη, φτάσανε ο όσιος Δαβίδ (ιδρωμένος μάλιστα, γιατί του είχε ζητήσει να ’ρθει πολύ γρήγορα) και ο όσιος Ιωάννης. Στάθηκε στην πόρτα και χαιρετώντας του είπανε με λόγια και κινήσεις:

–Εγώ είμαι ο Γέρων Δαβίδ και από εδώ (χειρονομία) ο όσιος Ιωάννης ο Ομολογητής (τονισμένο). Δε μας ζήτησες; ήρθαμε, μην ανησυχείς, θα γίνεις καλά!

Αμέσως κατάλαβε ότι οι παριστάμενοι κληρικοί δεν χαιρέτισαν καν τους δύο Αγίους και διαμαρτυρήθηκε:

–Πατέρες, Δε σηκώνεστε; Δε χαιρετάτε;

Εκείνοι παραξενεύτηκαν και ο Νικόδημος έγινε πιο σαφής:

–Πάει, τα ’χασε ο Ιάκωβος…

Τον πήρανε στο χειρουργείο, τον νάρκωσαν κι έπειτα του βγάλανε ράσο, Αντερί κι εσώρουχα. Πριν τον πιάσει καλά η νάρκωση είδε ν’ανοίγει η πόρτα και να μπαίνουν οι δυο Άγιοι. Ο χειρούργος Σπ. Καλοχέρης τον άνοιξε κι έμεινε εμβρόντητος. Δεν ήτανε απλή σκωληκοειδίτιδα, μα πολύπλοκη κι επικίνδυνη κατάσταση. Ο ασθενής θα ’πρεπε να είχε πεθάνει. Εκλογή δεν είχε. Αποφάσισε να ξεκινήσει και ό,τι ήθελε προκύψει. Προέκυψε καλό. Πέτυχε η πολλαπλή εγχείρηση, επέστρεψε ο ασκητής στο κελί. Όποιος πήγαινε να τον ιδεί, του έλεγε «πόσο καλός χειρούργος είναι ο κύριος Καλοχέρης», για τον οποίο συγχρόνως προσευχότανε να έχει υγεία. Τότε, έχασε την υπομονή του ο Όσιος Ιωάννης και τη Νύχτα εμφανίστηκε θυμωμένος:

–Ιάκωβε, τι επαινείς συνέχεια το γιατρό; Εγώ σ’ έκανα καλά, εγώ είχα την εντολή να σε χειρουργήσω. Μόνος του ο γιατρός τι μπορούσε να κάνει;

Ο γιατρός Καλοχέρης, αφού περάσανε μερικές ημέρες, πήγε στο Μοναστήρι να ιδεί τον π. Ιάκωβο, στον οποίο και ομολόγησε ότι κατά την πολλαπλή εγχείρηση:

–Ένιωθα ότι το χέρι μου κάποιος το κατευθύνει και τώρα έχω την αίσθηση ότι δεν έκανα εγώ την εγχείρηση…

Η νυχθήμερη εργασία, χειρωνακτική και πνευματική, του δημιούργησε επίσης άσχημη κατάσταση στα πόδια. Έκανε φλεβίτιδα εκτεταμένη. Πονούσε φρικτά και δεν μπορούσε πια να περπατήσει. Το 1974 τον πήγανε στο νοσοκομείο, το ΝΙΜΙΤΣ, για εγχείρηση. Δέχτηκε, γιατί ερμήνευσε τις δοκιμασίες των εγχειρήσεων ως ειδικό μέτρο του Θεού κι έλεγε:

–Επέτρεψε ο Θεός να πάω στα νοσοκομεία τόσες φορές και να κάνω εγχειρήσεις, για να ταπεινωθώ.

Ετούτη τη φορά έμεινε στο χειρουργείο έξι ώρες και πλέον. Ο χειρούργος Γ. Κορδέλλης χρειάστηκε να κάνει πολύ μεγάλες τομές, διότι οι σάπιες φλέβες ήτανε πολλές.

Εκεί, στο θάλαμο του νοσοκομείου, κατά την ανάρρωση, του εμφανίστηκε η Θεοτόκος για να τον ενθαρρύνει, όπως διηγήθηκε στον επισκέπτη του και πνευματικό του τέκνο π. Παύλο Ιωάννου.

–Χθες, παιδί μου, σε κάποια στιγμή μπήκε κάποια κυρία, ντυμένη σα νοσοκόμα. Κρατούσε κι ένα παιδάκι στην αγκαλιά της. «Τι κάνεις, πάτερ μου», με ρώτησε. «Τι να κάνω, κυρία μου, άρρωστος είμαι και στεναχωριέμαι που έχω φύγει από το μοναστήρι μου». Εν τω μεταξύ, παιδί μου, διερωτήθηκα: «εδώ οι νοσοκόμες έχουνε και τα παιδιά τους στο νοσοκομείο»; Τότε εκείνη μου χαμογέλασε και μου είπε: «μη φοβάσαι, θα γίνεις καλά»: Τη ρώτησα «ποια είσθε σεις, κυρία μου»; Τότε πάλι μου χαμογέλασε χωρίς να μου ειπεί τίποτε άλλο. Εγώ στράφηκα στον διπλανό ασθενή, να τον ρωτήσω, μήπως ήξερε ποια ήτανε αυτή η κυρία. Κι αυτός, γεμάτος απορία: «για ποια κυρία μιλάτε»; Τότε γύρισα και δεν είδα κανέναν. Και κατάλαβα, παιδί μου, ότι ήταν η Παναγία μας.

Επέστρεψε στο Μοναστήρι, αλλά πλέον χειρωνακτικά δεν μπορούσε να εργαστεί πολύ. Πολλές ώρες της ημέρας στεκότανε γονατιστός κι εξομολογούσε. Διότι τις περισσότερες εξομολογήσεις τις δεχότανε, μέχρι το τέλος της ζωής του, γονατιστός.

Σ’ αυτά όλα να προσθέσει κανείς τους φοβερούς ιλίγγους από σύνδρομο αυχενικό. Για να μπορέσει να λειτουργήσει, ν’ αντέξει τους ιλίγγους και τον πόνο των ποδιών, προσευχόταν στην Παναγία πολύ και στον όσιο Δαβίδ. Έκαναν το θαύμα τους κι έτσι τελείωνε τη Λειτουργία. Κατόπιν άρχιζαν πάλι. Τα ίδια με το ουροποιητικό σύστημα και το πεπτικό. Σε κακό χάλι ήταν πάντα.